Področja povečana gostota z dinukleotida zaporedje citozin--fosfat diester--gvanin. Tvorijo odseke DNK, več sto do več tisoč baznih parov dolgo. Pri ljudeh, ki so okrog 45.000 CpG otoki, večinoma najdete na koncih 5' genov. So unmethylated, razen tistih za neaktivne x kromosomov in nekatere povezane z natisnjene genov.