A Sinharaja hüllőfaunáját 45 faj képviseli, közülük 21 faj endemikus. Ez nagyszámú kígyót, számos gyíkot, teknőst és számos gekkót.foglal magában.

Az erdőben a mérges fajok között fordulnak elő a zöld mokasszinkígyó, amely fán lakó vipera, a púposorrú vipera és a krait, amely az erdő avarszintjén él. Kobrát időnként lehet látni, mít a Russel viperát a másodlagos vegetációban figyelték meg, bár a háborítatlan erdőkben nem látni.

Zöld mokasszinkígyó (Trimerasurus trinoncephalus), Merrem púposorrú vipera (Hypnale hypnale). nagy erdei gekkó (Gymnodactylus frenatus), dzsungel gekkó (Cnemaspis kandianus) patkány-bőrű szkink (Mabuya carinata), foltos új-guineai kéknyelvűszkink (Mabuya macularia), sima új-guineai kéknyelvűszkink (Sphenomorphus taprobanensis)